Первый этап — отбор проектов на участие в программе
После объявления Минсельхозом России конкурсного отбора участников подпрограммы заказчик подготавливает и направляет в дирекцию ФНТП заявку на участие в программе.
Дирекция проверяет корректность и полноту предоставленных данных и направляет заявку в мониторинговый центр. Мониторинговый центр рассматривает заявку и предоставляет в дирекцию ФНТП заключение. Дирекция направляет сформированный пакет документов в экспертную группу, которая готовит экспертное заключение. Оно рассматривается на заседании совета по реализации ФНТП, на котором принимается решение о включении заказчика в состав участников программы. Затем подписывается протокол заседания с решением.
Второй этап — отбор проектов на получение гранта
После объявления конкурса Минсельхозом России (извещение о проведении отбора размещается на едином портале бюджетной системы Российской Федерации, а также на официальном сайте Минсельхоза России) заказчик КНТП формирует заявку и направляет ее в Минсельхоз России. На заседании конкурсной комиссии готовится протокол с распределением средств. После его утверждения осуществляется доведение денежных средств до заказчиков проектов.